La creació de l’Institut Franco-Català Tansfronterer fou proposada per la Universitat de Perpinyà el setembre de 2001, acceptada pel Ministeri de l’Educació Nacional et de les Universitats i publicada al Butlletí Oficial el gener del 2002.

El Consell de l’IFCT, renovat cada quatre anys, és integrat per 6 representants dels personals d’ensenyament i de recerca, 2 dels altres personals, 6 dels estudiants i 14 personalitats exteriors.

El Consell elegeix el seu President entre les personalitats exteriors. Presidents successius:

  • Sr Joaquim Llimona (Presidència de la Generalitat de Catalunya);
  • Sr Marcel Mateu (Consell General del Pirineu Oriental, i Regió Llenguadoc-Rosselló).

El Consell elegeix un Director, per cinc anys, entre els ensenyants de l’Institut. Directors successius:

  • Sr Joan Becat és elegit el 2002 i reelegit el 2007. Cessa les seves funcions el 2009.
  • Sr Joan Peytaví Deixona és nomenat administrador provisional el juliol 2009.
  • Sr Marcel Sousse és nomenat administrador provisional l’abril 2010.
  • Sr Jean-Michel Hoerner és nomenat administrador provisional el gener 2011.
  • Sra Martina Camiade és elegida a l’octubre 2011 i reelegida el 2012. Cedeix les seves funcions al desembre 2013.
  • M. Alà Baylac-Ferrer és elegit al desembre 2013.